วิทยาเขตกาญจนบุรี ตั้งอยู่ที่บ้านไตรรัตน์ หมู่ที่ 9 ตำบลบลลุ่มสุ่ม อำเภอไทรโยค จังหวัดกาญจนบุรี มีเนื้อที่ 6,792 ไร่ ติดกับทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 323 (กาญจนบุรี – ทองผาภูมิ)
2538
คณะรัฐมนตรีมีมติขยายโอกาสทางการศึกษาระดับอุดมศึกษาไปยังส่วนภูมิภาคสอดคล้องกับแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษาฉบับที่ 8 โดยเห็นชอบให้จัดตั้ง “โครงการจัดตั้งมหาวิทยาลัยมหิดล กาญจนบุรี” เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ.2538
2541
ได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวรางกูร เสด็จแทนพระองค์ ทรงวางศิลาฤกษ์มหาวิทยาลัยมหิดล กาญจนบุรี เมื่อวันเสาร์ที่ 18 เมษายน พ.ศ.2541
2544
เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาตรีสังกัดวิทยาลัยการจัดการ มหาวิทยาลัยมหิดล จำนวน 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรการจัดการบัณฑิต และหลักสูตรบัญชีบัณฑิต
2545
เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาตรีสังกัดคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล จำนวน 3 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (เทคโนโลยีการอาหาร) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วิทยาศาสตร์การเกษตร) และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต(ชีววิทยาเชิงอนุรักษ์)
2547
เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาตรีหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (ธรณีศาสตร์)
2552
เปลี่ยนสถานภาพเทียบเท่าคณะตามโครงสร้างของมหาวิทยาลัย เป็น “มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตกาญจนบุรี” ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย และบริหารงานตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยมหิดล ว่าด้วยการบริหารภายในวิทยาเขตกาญจนบุรี พ.ศ.2552 และเปลี่ยนผู้รับผิดชอบหลักสูตรเป็นของวิทยาเขตกาญจนบุรี มหาวิทยาลัยมหิดล
2555
เปลี่ยนชื่อหลักสูตรระดับปริญญาตรี หลักสูตรการจัดการบัณฑิต เป็นชื่อ “หลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการ” เริ่มใช้กับนักศึกษาภาคการศึกษาที่ 1/2555
2557
เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาตรี (หลักสูตรใหม่) จำนวน 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต (สาขาวิศวกรรมสิ่งแวดล้อมและการจัดการภัยพิบัติ) และหลักสูตรบัญชีบัณฑิต
2561
พิธีอัญเชิญพระราชานุสาวรีย์สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนกขึ้นประดิษฐานบนแท่นพระรูป โดยศาสตราจารย์ นายแพทย์บรรจง มไหสวริยะ อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล เป็นประธานในพิธี เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน 2561
2561
สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงเป็น องค์ประธานในการประกอบพิธีเปิดพระราชานุสาวรีย์สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรมพระบรมราชชนก ณ ลานพระราชานุสาวรีย์ฯ มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตกาญจนบุรี เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ. 2561
2561
สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงเป็นองค์ประธานเปิดการแข่งขันวิทยาศาสตร์โลกและอวกาศโอลิมปิกระหว่างประเทศ ครั้งที่ 12 ในประเทศไทย พ.ศ. 2561 (IESO 2018 : 12th International Earth Science Olympiad, Kanchanaburi, Thailand) เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ.2561 โดยวิทยาเขตกาญจนบุรี มหาวิทยาลัยมหิดล ร่วมกับมูลนิธิส่งเสริมโอลิมปิกวิชาการและพัฒนามาตรฐานวิทยาศาสตร์ศึกษา ในพระอุปถัมภ์สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ (สอวน.) สถาบันวิจัยดาราศาสตร์แห่งชาติ (องค์การมหาชน) กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และกระทรวงศึกษาธิการ
2561
เปลี่ยนชื่อหลักสูตรระดับปริญญาตรี หลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการ เป็นชื่อ “หลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต” เริ่มใช้กับนักศึกษาภาคการศึกษาที่ 1/2561
2563
เปิดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา จำนวน 1 หลักสูตร ได้แก่ วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาความยั่งยืนทางทรัพยากรอาหารและระบบนิเวศ
2564
สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จฯ ทรงเป็นประธานในพิธีเปิดการแข่งขันวิทยาศาสตร์โลกและอวกาศโอลิมปิกระดับชาติ ครั้งที่ 1 The 1st Thailand Earth Science Olympiad (1st TESO) วันที่ 26 มิถุนายน 2564 ซึ่งจัดขึ้นเป็นครั้งแรกของประเทศไทย โดยวิทยาเขตกาญจนบุรี มหาวิทยาลัยมหิดลร่วมกับมูลนิธิส่งเสริมโอลิมปิกวิชาการ และพัฒนามาตรฐานวิทยาศาสตร์ศึกษา ในพระอุปถัมภ์สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ (สอวน.) ในรูปแบบออนไลน์ ถ่ายทอดสดจากห้องประชุมอาคาร หอพระสมุดส่วนพระองค์ วังสระปทุม ไปยังห้องประชุมไพลินภูธาร วิทยาเขตกาญจนบุรี มหาวิทยาลัยมหิดล