สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ได้ประทานพระราชวินิจฉัยชี้ขาดให้ต้นกันภัยมหิดล เป็นต้นไม้สัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัยมหิดล เมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 ด้วยเหตุว่า เป็นต้นไม้ที่พบในประเทศไทย ปลูกง่าย นามเป็นมงคลและพ้องกับชื่อมหาวิทยาลัย ถึงแม้จะเป็นไม้เถาแต่ก็มีลักษณะสวยงาม สามารถจัดแต่งเป็นทรงพุ่มได้หลายแบบ อายุยืน โดยเมื่อเถาแห้งไปก็สามารถงอกขึ้นใหม่ได้ซึ่งความเป็นไม้เถาแสดงถึงความเจริญก้าวหน้าและความสามารถปรับตัวให้พัฒนา ไปตามสภาพแวดล้อมที่เปลี่ยนแปลงไปได้อย่างดี
ตราสัญลักษณ์สี
ตรามหาวิทยาลัย พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ พระราชทานเมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม 2512
สีน้ำเงินแก่ สมเด็จพระราชชนนีศรีสังวาลย์ พระราชทานเมื่อวันที่ 23 มิถุนายน 2512
สีน้ำเงินแก่ สมเด็จพระราชชนนีศรีสังวาลย์ พระราชทานเมื่อวันที่ 23 มิถุนายน 2512
กันภัยมหิดล
สีน้ำเงิน
สีประจำมหาวิทยาลัยมหิดล RGB(0:53:173) CMYK(100:84:12:4)
สีแดงอิฐ
สีประจำวิทยาเขตกาญจนบุรี RGB(172:26:7) CMYK(122:99:100:16)
ตราสัญลักษณ์มหาวิทยาลัยมหิดล ประกอบด้วย
กันภัยมหิดล